가. 유기식품 등의 인증신청 제한기간의 강화(안 제20조제2항제1호)
  총 2회 이상 유기식품 등의 인증이 취소된 자에 대해서는 인증신청의 제한기간을 1년에서 2년으로 연장함.
나. 인증심사원 등의 자격 강화(안 제26조의2제3항제6호, 제26조의3 및 제26조의4 신설)
  1) 인증심사원의 자격 취소 및 정지 사유에 인증심사 업무에 필요한 교육을 받지 아니한 경우를 추가하고, 자격이 취소된 인증심사원의 경우 자격을 부여받을 수 없는 제한기간을 자격이 취소된 날부터 2년에서 3년으로 연장함. 
  2) 지정이 취소된 인증기관의 대표 및 인증업무와 관련하여 벌금 이상의 형을 받은 자에 대해서는 3년간 인증기관의 임직원이 될 수 없도록 함. 
다. 인증기관 관리 강화 및 인증기관의 평가 등(안 제29조제3항, 안 제32조의2 신설)
  1) 인증기관의 지정이 취소된 경우 다시 지정을 받을 수 있는 제한기간을 지정이 취소된 날부터 2년에서 3년으로 연장함. 
  2) 인증기관의 운영 및 업무 수행실태 등을 평가하여 등급을 결정하고 인증기관의 평가 및 등급결정의 결과를 인증기관의 관리ㆍ지원 등에 반영할 수 있도록 함. 
라. 유기농어업자재 정보시스템의 구축(안 제53조의2 신설)
  유기농어업자재 정보시스템을 구축하여 유기농어업자재에 대한 품질인증을 받은 사업자 목록, 유기농어업자재 시험연구기관의 지정 현황 등의 정보를 제공하도록 함.