1. 개정이유
보전의 대상을 물환경 전반으로 확대하기 위해 「수질 및 수생태계 보전에 관한 법률」이 「물환경보전법」으로 제명이 변경되어 개정(법률 제14532호, 2017.1.17. 개정, 2018.18 시행)됨에 따라, 수생태계 현황조사계획의 내용, 수생태계 연속성 조사의 방법 및 연속성 단절ㆍ훼손의 기준, 수생태계 연속성 확보의 우선순위와 조치, 국가 물환경관리기본계획에의 포함사항, 특정수질 유해물질 배출량 조사의 대상과 검증 및 공개방법 등 법률에서 위임된 사항과 그 시행을 위하여 필요한 사항을 정하려는 것임.

2. 주요내용
가. 수생태계 현황 조사계획의 내용(안 제24조의4)
  수생태계 현황 조사계획에는 조사시기, 지점, 기관, 자료의 확인방법 등이 포함되어야 하며, 현황조사를 최초로 하는 시점의 3개월 전까지 환경부장관 또는 시ㆍ도지사가 고시하도록 함.
나. 수생태계 연속성 조사의 방법 등(안 제31조의2)
  수생태계 연속성 조사는 현지조사를 원칙으로 하되 통계자료나 문헌 등을 통한 간접조사 병행이 가능하도록 하고, 공공수역 상ㆍ하류 간 수생태계 연속성에 댐ㆍ보ㆍ저수지 등이 미치는 영향과 공공수역과 수변지역 간 수생태계 연속성에 하도ㆍ하안ㆍ제방 등이 미치는 영향을 고려하여 실시하도록 함.
다. 수생태계 연속성 단절ㆍ훼손의 기준(안 제31조의3) 
  수생태계 연속성 단절이란 물질의 순환과 생물의 이동이 불가능한 경우를 의미하며, 훼손이란 물질의 순환과 생물의 이동이 제한된 경우를 의미함.
라. 국가 물환경관리기본계획에의 포함사항(안 제32조의2) 
  기존 계획의 성과평가, 물환경 관련 연구개발계획, 투자계획 등이 포함되도록 함.
마. 특정수질 유해물질 배출량 조사의 대상과 검증 및 공개방법(안 제63조, 제63조의2, 제63조의3, 제63조의4) 
  배출시설 설치허가를 받은 사업장 중 제1종부터 제3종까지의 시설 사업자는 매년 5월말까지 전산망을 이용하여 유역ㆍ지방환경청장에게 배출량 조사 결과를 제출하며, 국립환경과학원장은 유역ㆍ지방환경청장의 요청에 따라 배출량 조사 결과를 검증하고, 배출량 조사결과를 공개하려는 경우에는 사업자의 소명 과정을 거쳐 전산망을 통해 공개하도록 함.