1. 개정이유
  생태축에 대한 위계를 국가-광역-지역으로 정립, 생태축의 설정・관리주체・보전책무 등을 규정하여 한반도 생태축에 대한 관리체계를 확립하고, 국가 등의 책무에 개발사업 지역 또는 도시지역 등 특정지역내의 자연자원을 총량으로 관리하기 위한 시책을 수립・시행토록 하여 개발사업에 따른 자연자원의 훼손 및 감소를 억제하며, 현재 사업규모 3만㎡ 이상의 전략 및 소규모 환경영향평가 대상사업에 생태계보전협력금을 부과하도록 한 것을 면적 기준을 삭제하여 부과형평성을 확보하는 한편, 생태가치가 반영된 지역계수를 도입하여 부과방식을 합리적으로 개선하며, 생태통로에 대한 조사체계를 강화하는 등 현행 제도의 운영상 나타난 일부 미비점을 개선ㆍ보완하려는 것임.

2. 주요내용
가. “자연자원”의 정의 신설 및 자연자산과의 관계 명확화(안 제2조제15호 및 제16호)
 - “자연자원”이란 유형・무형의 자연상태의 생물과 비생물적인 것의 총체로 정의하고, “자연자산”은 자연자원의 가치를 평가한 것의 총체로 규정
나. 국가・지방자치단체 및 사업자의 책무 추가(안 제4조제4호)
 - 개발로 인한 자연자원의 훼손을 최소화하고, 지속가능한 국토환경 조성을 위해 개발사업 지역 또는 특정지역 내의 자연자원을 총량으로 관리하기 위한 시책을 수립・시행토록 의무화함
다. 생태축의 설정 및 보전・복원의무 명확화(안 제7조의2, 제7조의3) 
 - 국가광역・지역의 위계별 생태축의 관리체계를 확립하고, 국가 생태축은 환경부장관이, 광역・지역 생태축은 지역별 여건을 고려하여 지방자치단체의 장이 설정하도록 하는 등 생태축의 설정을 의무화하며, 환경부장관은 광역・지역생태축을 조사・평가하여 복원할 필요가 있는 지역은 지방자치단체의 장에게 복원 등의 조치를 요청하고, 특별한 사유가 없는 한 요청사항을 따라야 함
라. 자연자원의 총량관리(안 제29조의2)
 「환경영향평가법」에 의한 전략환경영향평가, 환경영향평가, 소규모 환경영향평가 대상사업에 해당하는 개발사업 등에 대한 인・허가 등을 하고자 하는 때에는 자연자원의 총량을 산정・평가하고, 이에 대한 관리계획을 평가 협의내용에 포함하여 협의기관의 장과 협의토록 함
마. 도시생태현황지도의 수정・보완 요청(안 제34조의2)
 - 제출된 도시생태현황지도가 작성방법에 부합하지 않게 작성된 경우, 해당 지자체에 수정・보완을 요청할 수 있도록 하는 것임
바. 생태통로 설치에 대한 관리 강화(안 제45조, 제45조의2)
 - 생태통로를 설치하려는 자는 생태통로의 입지적정성, 시설규모 등에 대하여 환경부 장관과 협의하고,  법 제45조제2항에 따라 설치하는 생태통로도 법령에서 정하는 설치기준을 적용하며 조성 후 3년이 경과한 생태통로의 조사는 환경부로 일원화하여 관리 효율성을 제고하는 것임
사. 생태계보전협력금 부과대상 확대(안 제46조제2항)
 -기존에 전략 및 소규모 환경영향평가 대상사업 중 3만㎡ 이상의 사업에만 부과하던 것을 전체로 확대하고, 지역계수에 생태가치를 반영하여 「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」에 의한 동일한 용도지역 내에서도 차등부과 될 수 있도록 하며,  기한 내 납부하지 않을 경우 부과하는 가산금을 체납일수에 관계없이 부과하던 것을 100분의 3 범위 내에서 체납일수에 비례하여 가산금을 부과하도록 개선하여 형평성을 확보하는 것임