안전성검사기관의 지정 유효기간 신설(3년)에 따라 유효기간을 연장하는 경우와 신청・처리절차(안 제11조의3) 및 재지정 신청・처리절차(안 제11조의4)를 마련하고
안전성검사기관 지정사항의 변경절차를 명확하게 하기 위해 중요 및 경미한 변경사항별 신고・수리 절차를 규정하여(안 제11조의2) 
이에 필요한 별지 서식을 개정 및 신설하여(별지 제1~4호 서식) 지정 검사기관의 사후관리를 합리적으로 개선하고자 함 
안전성검사기관의 지정 사실 및 수행하는 업무 범위의 공지방법은 관보나 인터넷 홈페이지에 공고하는 것으로 간소화(안 제11조제3항)
 
신설된 수산물 실태조사・위험평가에 필요한 사항을 마련하고자 위험평가 대상에 수산물과 수산물의 생산에 사용되는 어장・용수・자재를 추가하고(안 제14조제1항) 
식품의약품안전처장이 위험평가를 요청할 수 있는 연구기관에 지방자치단체의 수산자원 또는 어업연구기술사업소 등을 포함(안 제14조제2항제6호) 및 
유해물질 실태조사 대상에 수산물과 어장・용수・자재 등을 명시함(안 제15조제3항)
수산물 안전성조사 대상을 법률에서 정한대로 수산물 생산에 사용・이용된 어장・용수・자재 등을 추가하여 명확화(안 제8조제2항・제3항)