1. 개정이유
  수탁처리폐수의 인계·인수 과정을 전자적으로 관리하기 위한 전자인계·인수관리시스템과 비점오염저감시설 성능의 신뢰도 향상을 위한 비점오염저감시설 성능검사가 도입되는 등 효율적·효과적인 물환경 관리보전을 위하여 「물환경보전법」이 개정(법률 제15832호, 2018.10.16. 개정, 2019.10.17. 시행)됨에 따라, 폐수위탁사업자와 폐수처리업자가 전자인계·인수관리시스템에 입력하여야 하는 사항, 과태료 부과기준 등 법률에서 위임된 사항과 그 시행을 위하여 필요한 사항을 정하려는 것임.
  또한, 호소 수생태계 현황 조사 주기를 설정하고, 공공폐수처리시설 운영사업 대행을 위한 근거를 마련하는 등 기존 법령을 보완하려는 것임.

2. 주요내용
 가. 호소 수생태계 현황 조사 주기 설정(안 제30조제4항)환경부장관 및 시·도지사가 측정·조사하여야 하는 대상 호소의 생물다양성 및 생태계 등 수생태계 현황을 3년마다 조사·측정 및 분석하도록 함.
 나. 공공폐수처리시설 운영사업을 할 수 있는 대상, 대행계약 등(안 제60조)다른 법률에 따라 공공폐수처리시설을 운영할 수 있는 자를 「하수도법」에 따른 공공하수도 관리대행업자로 명확히 하고, 운영사업 대행 시 대행계약을 체결하게 하며, 대행계약과 관련한 선정기준, 선정절차 등 세부사항을 환경부장관이 고시하도록 함.
 다. 공공폐수처리시설 설치 부담금 및 사용료의 부과·징수절차(안 제65조)설치 부담금 및 사용료를 기한 내에 납부할 수 없을 경우 징수를 유예하거나 분할하여 징수할 수 있도록 하고, 그 기간은 가산금에 관한 기간에 포함되지 않도록 하며, 설치 부담금 및 사용료에 이의가 있을 경우 납기일 이내 이의를 신청하도록 함.
 라. 전자인계·인수관리시스템 입력내용(안 제79조의3)수탁처리폐수의 인계·인수 시 전자인계·인수관리시스템에 위·수탁자에 관한 내용, 폐수의 종류·양 및 운반 차량번호 등 폐수 인계·인수에 관한 내용 등을 입력하도록 함.
 마. 권한의 위임 및 업무의 위탁(안 제81조, 제84조)중장기 물순환 목표 설정을 위한 조사·연구에 관한 환경부장관의 권한을 국립환경과학원장에게 위임하고, 전자인계·인수관리시스템, 비점오염저감시설 성능검사 관련 업무를 한국환경공단의 이사장에게 위탁하며, 수자원개발시설과 관련한 측정망 설치 및 조사 업무를 한국수자원공사의 사장에게 위탁함.