1. 제안이유
  자연환경복원사업을 시행할 수 있도록「자연환경보전법」이 개정(‘21.1.5. 공포, ’22.1.6. 시행)됨에 따라 자연환경복원사업의 대상 선정, 사업시행ㆍ평가ㆍ사후관리 등에 관한 절차ㆍ기준 등 시행령에 위임된 사항을 정하고, 제도 운영상 나타난 일부 미비점을 개선ㆍ보완하기 위함

2. 주요내용
가. 자연환경복원사업 대상 관련
  1) 멸종위기종 서식지 복원을 위한 사업, 국제적 보호지역의 복원을 위한 사업, 하천복원사업, 그밖에 자연환경 조사 결과 등에 따라 복원의 시급성ㆍ복원효과 등을 고려하여 환경부장관이 정하여 고시하는 사업으로 규정(안 제35조의3 신설)
  2) 자연환경복원사업 후보지 목록작성을 위한 조사 대상에 관하여 야생생물등의 서식실태 조사, 도시생태현황지도 작성을 위한 조사 등을 활용하도록 함(안 제35조의4 제1항 신설)
  3) 자연환경복원 대상지역의 현황 및 우선순위를 평가하여 후보목록을 작성하도록 함(안 제35조의4 제2항 및 제3항 신설)
  4) 자연환경복원사업 시행자가 자연환경복원사업계획에서 정한 바에 따라 복원사업 추진실적을 보고하고 환경부장관은 이를 평가하고 평가결과를 반영해 비용을 차등 지원할 수 있도록 함(안 제35조의5 제1항 신설)
  5) 자연확경복원사업 완료 이후 복원목표가 지속적으로 유지될 수 있도록 자연환경복원사업을 유지ㆍ관리 점검하도록 함(안 제35조의6)
 
나. 생태계보전부담금 제도 개선
  1) 현행 생태계보전부담금은 개발 대상지의 자연ㆍ생태현황을 반영하지 못하는 한계가 있어 생태ㆍ자연도를 반영하도록 법이 개정됨에 따라 생태ㆍ자연도의 지역계수를 정함(안 제38조제2항, 별표 제2의5)
  2) 사업자에게 생태계보전부담금 환급 시 원금 외에 이자도 지급하도록 하여 환급받는 자의 권익 보호(안 제42조제1항 후단 신설) 
  3) 생태계보전협력금 반환사업 승인을 받은 자 또는 반환사업 대행자에게 사업 완료 전에 협력금 일부를 우선 반환할 경우, 반환 금액을 증액*하여 사업자의 편의 제고(안 제46조제8항제1호) 
    * (현행) 사업비의 50% → (개정) 사업비의 70%
  4) 법률 개정으로 “생태계보전협력금”이 “생태계보전부담금”으로 명칭 변경됨에 따라 이를 반영해 용어 정비(안 제39조, 제40조, 제41조, 제42조의2, 제43조, 제44조, 제45조, 제46조 등)
 
다. 과태료 가중처분 기준 명확화
  1) 법 위반행위의 누적 반복에 따른 가중처분 시 누적되는 위반행위 횟수 계산에 적용되는 기간을 명확화하여 권리보호 확대(안 별표4)